• Análisis de las respuestas inmunes celulares frente a patógenos virales y bacterianos, mediante técnicas inmunoproteómicas, modelos in vivo con animales transgénicos y muestras humanas.
• Generación de virus recombinantes como vectores vacunales.
• Caracterización de CD69: regulación génica, función reguladora inmune en homeostasis e infección y su uso como diana terapéutica, edición génica por CRISPR en modelos animales y celulares, etc.
• Estudio de las respuestas inmunes celulares en enfermedades raras (artritis reactiva y síndrome del linfocito desnudo) y crónicas (espondiloartropatías).
• Estudio del papel de aminopeptidasas del retículo en enfermedad.
• Inclusión de componentes del sistema inmune en la fabricación de tejidos humanos, especialmente piel, para uso clínico, farmacéutico y cosmético.

Enfoques inmunoinformaticos e inmunoproteomicos para identificar epítopos bacterianos implicados en la REA: Diagnóstico temprano y diseño de fármacos. IP: Daniel López. Organismo financiador:  Agencia Española de Investigación. Duración: 2024-2027.

La interrelación de CD69 y el procesamiento antigénico en enfermedades infecciosas y autoinmunes. Acción Estratégica en Salud (ISCIII). Elena Lorente/ PilarLauzurica. (Instituto de Salud Carlos III). 2023-2025.

Interacciones génicas y proteicas de CD69 y sus regiones génicas reguladoras con moléculas implicadas en la activación inmunológica. Agencia Española de Investigación. Pilar Lauzurica/Elena Lorente. (Instituto de Salud Carlos III). 2022-2025.

• Cobos-Figueroa L, Notario L, Mir C, Molpeceres C, Lauzurica S, Lopez D. Lorente E*, Lauzurica P*. Selective deletion of HLA-B, and -C class I genes promotes immunocompatibility of humanized skin graft model.ImmunoTargets and Therapy. 2025:14 451–463.
• S Weingarten-Gabbay, M R Bauer, A C Stanton, Y Yu, C A Freije, N L Welch, C K Boehm, S Klaeger, E K Verzani, D López, L E Hensley, K R Clauser, S A Carr, J G Abelin, C M Rice, P C Sabeti. Pan-viral ORFs discovery using Massively Parallel Ribosome Profiling. Science in press: 2025.
• Closer Peptide Repertoire Similarity of HLA-B*14:03 and HLA-B*27:05 Sheds Light on Ankylosing Spondylitis Susceptibility Running Title: High Overlap between HLA-B*14:03 and B*27:05 peptidomes. Laura Cobos-Figueroa, Javier Robles-Parrado, Elisenda Alari-Pahissa, Begoña Galocha, Carmen Mir, Ana Pintor-Poveda, Eilon Barnea, Arie Admon, Pilar Lauzurica, Elena Lorente. Mol Cell Proteomics. In press: 2025. 
• Daniel López, Javier Zumárraga. Bioinformatic Tools for Studying the Cellular Immune Response to SARS-CoV-2, Vaccine Efficacy, and Future Pandemics at the Global Population Level. International Journal of Molecular Sciences 2024. 25(24):13477
• Antonio J Martín-Galiano, Daniel López.  Conservation of HLA spike protein epitopes supports T cell cross-protection in SARS-CoV-2 vaccinated individuals against the potentially zoonotic coronavirus Khosta-2 International Journal of Molecular Sciences. 2024. 25:  6087.
• Daniel López, Marina García-Peydró. Immunoinformatics lessons on the current COVID-19 pandemic and future coronavirus zoonoses Frontiers in Immunology. 2023. 14:  1118267.
• López D. Predicted HLA Class I and Class II Epitopes From Licensed Vaccines Are Largely Conserved in New SARS-CoV-2 Omicron Variant of Concern. Front Immunol. 2022 Jan 28;13:832889.
• Lorente E, Marcilla M, de la Sota PG, Quijada-Freire A, Mir C, López D. Acid Stripping after Infection Improves the Detection of Viral HLA Class I Natural Ligands Identified by Mass Spectrometry. Int J Mol Sci. 2021.  29;22(19):10503.
• Martín-Galiano AJ, Díez-Fuertes F, McConnell MJ, López D. Predicted Epitope S Weingarten-Gabbay, M R Bauer, A C Stanton, Y Yu, C A Freije, N L Welch, C K Boehm, S Klaeger, E K Verzani, D López, L E Hensley, K R Clauser, S A Carr, J G Abelin, C M Rice, P C Sabeti (2025)  Pan-viral ORFs discovery using Massively Parallel Ribosome Profiling Science in press:Abundance Supports Vaccine-Induced Cytotoxic Protection Against SARS-CoV-2 Variants of Concern. Front Immunol. 2021 Nov 25;12:732693.
• Redondo-Antón J, Fontela MG, Notario L, Torres-Ruiz R, Rodríguez-Perales S, Lorente E, Lauzurica P. Functional Characterization of a Dual Enhancer/Promoter Regulatory Element Leading Human CD69 Expression. Front Genet. 2020 Oct 27;11:552949.

• Identificación de epitopos activadores de respuestas celulares mediante: Inmunoprecipitación de moléculas específicas de HLA e identificación por espectrometría de masas. Estudios funcionales in vivo en modelos de ratones humanizados expresando moléculas HLA.
• Estudio de CD69 mediante abordaje multidisciplinar de modelos de enfermedad incluyendo estudios de biología molecular con modificación génica por CRISPR, de biología celular incluyendo análisis de expresión de proteínas por citometría de flujo, de bioquímica y modelos animales.
• Estudio del papel de aminopeptidasas del retículo en enfermedad. Modificación génica por CRISPR e identificación de cambios en repertorio de ligandos de HLA por espectrometría de masas.
• Inclusión de componentes inmunes en piel por distintos métodos.

Laboratorio general de biología celular y molecular con todos los equipos y material necesarios para la realización de métodos descritos anteriormente.