- Diseño, optimización y validación de métodos de diagnóstico avanzados (qPCR, PCR, LAMP, Point of care), incluyendo el uso de inteligencia artificial en microscopía, para la detección y caracterización de malaria, enfermedad del sueño (THA) y filariasis (filariasis linfática, onchocercosis, loasis y mansonelosis) en humanos, vectores y reservorios.

- Evaluación y vigilancia del riesgo de reintroducción de la malaria en España mediante el estudio de los determinantes vectoriales y parasitarios.

- Genotipado molecular y caracterización molecular de resistencias, incluidos los derivados de artemisina, en las cinco especies de Plasmodium que afectan principalmente a los humanos Plasmodium falciparum, P. vivax, P. ovale, P. knowlesi y P. malariae.

- Apoyo y transferencia tecnológica para la vigilancia y control de parasitosis tropicales a instituciones y centros de investigación de zonas endémicas en África, Asía y Sudamérica (Nigeria, Costa de Marfil, Guinea Conakri, Egipto, Etiopia, Arabia Saudí, Malasia, Brasil, Perú, Bolivia, Colombia).

- Detección de babesiosis y otros piroplasmas en humanos y ganado, junto al análisis de vectores (garrapatas) en la península Ibérica y en otras zonas del planeta (África, Antártida, etc).

- Estudio de los mecanismos celulares y moleculares, incluyendo el análisis de genomas y transcriptomas,  que emplea B. divergens, para infectar el eritrocito humano y causar la babesiosis.

- Desarrollo de nuevos biomarcadores (proteínas y vesículas extracelulares) y para el seguimiento de la babesiosis humana y bovina.

- The Intelligent Autonomous Microscope: An AI platform for multiplex parasite diagnosis at the point of care.

HORIZON-JU-GH-EDCTP3-2024-01. Research and Innovation actions supporting the Global Health EDCTP3 Joint Undertaking. Proposal number: 101190741-2

Duración: 2025-2029

Cuantía de la subvención: 4 999 266.25€

Principal Investigador: Enrique Basat (IsGlobal Barcelona)

Participación: IP del grupo del ISCIII: José Miguel Rubio.

- La salud animal como pilar de la seguridad alimentaria y el bienestar económico: Un enfoque integral "una salud" para un futuro sostenible.

TEC-2024/BIO-66/SALAINDEC-CM. Comunidad de Madrid.

Duración: 2025-2028

Cuantía de la subvención: 1 200 000€

Principal Investigador: Sevilla. (CISA-INIA).

Participación: IP del grupo BABAH: Estrella Montero (ISCIII),

                       Investigador: Luis Miguel González.

- Evolución de los genes pfhrp2 y pfhrp3 a lo largo de 24 años en Guinea Ecuatorial: influencia de la fuerza selectiva de los TDRs y búsqueda de nuevas herramientas diagnósticas point of care para malaria.

PI24CIII-00028. ACCIÓN ESTRATÉGICA en SALUD Intramural. (Instituto de Salud Carlos III).

Duración: 2024-2027

Cuantía de la subvención: 86 000€

Participación: Luis Miguel González (investigador). Alexandra Martin Ramírez (investigadora). Estrella Montero (colaboradora).

- Malaria y arbovirus emergentes en migrantes y viajeros; MAEMVI.

IM23/INFEC/5  CONVOCATORIA PROYECTOS DE INVESTIGACIÓN INTRAMURALES CIBERINFEC 2023

Duración: 2024-2026

Cuantía de la subvención: 85000€

Principal Investigador: Alexandra Martin Ramírez (IP)/ Rafael Gutiérrez López

Participación: José Miguel Rubio (Investigador).

- European Viral Outbreak Response Alliance – EVORA.

Project number: 101131959. Topic: HORIZON-INFRA-2023-DEV-01-04- Developing, consolidating and optimising the European research infrastructures landscape, maintaining global leadership (2023)

Type of Action HORIZON-RIA

Requested grant amount (proposal): 4 887 932.36EUR

Maximum grant amount (after evaluation): 4 887 932.36EUR

Duración: 2023-2026

Participación: José Miguel Rubio (Investigador).

- INTERnational Cooperation of high containment research infrastructures: from Epidemic Preparedness TO Response — INTERCEPTOR. 

Project number: 101132215. Topic: HORIZON-INFRA-2023-DEV-01-07 —  Strengthening the international dimension of ESFRI and/or ERIC

research infrastructures

Type of action: HORIZON Coordination and Support Actions

Requested grant amount (proposal): 1 498 076.69 EUR

Maximum grant amount (after evaluation): 1 498 076.69 EUR

Duración: 2023-2026

Participación: José Miguel Rubio (Investigador).

- Validación y la mejora de técnicas serológicas y moleculares para el diagnóstico de malaria y enfermedades parasitarias desatendidas

MVP 287/22Contrato entre el ISCIII Y VIRCELL

Duración: 12/11/2022 – 31/12/2024.

Financiación: 34.787,50 €

Principal Investigador: José Miguel Rubio.

- Evaluación del riesgo de reintroducción de la malaria en el sur de España mediante el estudio de los determinantes vectoriales y parasitarios.

PI22CIII/00033. Acción Estratégica en Salud Intramural convocatoria 2022

Duración: 01/01/2023 – 31/12/2026.

Financiación: 53.000€

Principal Investigador: José Miguel Rubio. Alexandra Martin Ramírez (investigadora)

- Consorcio Centro de Investigacion Biomedica en Red M.P. CIBER (2021). Área de Enfermedades Infecciosas. Centro Nacional de Medicina Tropical Instituto de Salud Carlos III. CB21/13/00120

Programa: Incorporación de una nueva área temática y nuevos grupos al Consorcio CIBER, de la convocatoria 2021, de la Acción Estratégica en Salud 2017-2020.

Duración: 01/01/2022 – 31/12/2027.

Financiación anual: 118.000€

Participación: José Miguel Rubio (Investigador), Alexandra Martin Ramírez (Investigador).

- Filling key research gaps with clinical implications in mansonellosis and schistosomiasis: a network approach"

Financiación: ESCMID Young Investigator projects. Elena Pomari IRCCS Sacro Cuore Don Calabria Hospital Negrar, Italy

Duración: 01/04/2021-01/04/2023

Financiación: 20.000€

Investigador principal: Elena Pomari & Francesca Tamarozzi

Participación: José Miguel Rubio (Investigador)

- Desarrollo de Nuevas Estrategias de Control Integradas frente a la Oncocercosis, la Filariasis Linfática y la Loiasis PI20CIII/00034

Financiación: Acción Estratégica en Salud Intramural convocatoria 2020

Duración (periodo de financiación): 01/01/2021-31/12/2023    Cuantía de la subvención: 22.000€.

Investigador principal: Zaida Herrador Ortiz

Participación: José Miguel Rubio (Investigador)

- Identificación y caracterización de nuevos biomarcadores diagnósticos y/o de infección para la detección temprana y el seguimiento de la babesiosis humana en España.

PI20CIII-00037ACCIÓN ESTRATÉGICA en SALUD Intramural. 

Duración: 2021-2025. Cuantía de la subvención: 57.000 €.

Investigador principal: Estrella Montero y Luis Miguel González.

- Evaluation of a digital health ecosystem using artificial intelligence for microscopic analysis of parasitological samples.

Financiación: Spotlab SA subcontrata proyecto EU H2020 SME Instrument - Phase 2. Grant number: 881062. Proyecto co-financiado por la CE, dentro del Programa H2020

Duración: 08/10/2020-31/12/2024.       

Cuantía de la subvención: 50.000€

Investigador principal: José Miguel Rubio

Ceballos-Caro, Á., Antón-Berenguer, V., Lanza, M., Renelies-Hamilton, J., Barciela, A., Köster, P. C., Carmena, D., Flores-Chávez, M., Chanove, E., & Rubio, J. M. (2025). Development and Assessment of a Multiple-Analysis System for Diagnosing Malaria and Other Blood Parasite Infections in Humans and Non-Human Primates. Diagnostics, 15(5), 620. https://doi.org/10.3390/diagnostics15050620

Ncogo P, Hernández-González A, Ta-Tang TH, Redondo L, Álvarez A, Perteguer MJ, Rubio JM, Nguema R, Nguema J, García M, Reguero L, Valverde T, Lanza M, Cerrada-Gálvez L, Rebollo M, Cano J, Benito A, Herrador Z. Approaching onchocerciasis elimination in Equatorial Guinea: Near zero transmission and public health implication. Infect Dis Poverty. 2024 Nov 14;13(1):86. doi: 10.1186/s40249-024-01254-9. PMID: 39538268; PMCID: PMC11562331.

Singh, P., Vydyam, P., Fang, T., Estrada, K., Gonzalez, L.M., Grande, R., Kumar, M., Chakravarty, S., Berry, V., Ranwez, V., Carcy, B., Depoix, D., Sánchez, S., Cornillot, E., Abel, S., Ciampossin, L., Lenz, T., Harb, O., Sanchez-Flores, A., Montero, E., Le Roch, K.G., Lonardi, S., Mamoun, C.B., 2024. Insights into the evolution, virulence and speciation of Babesia MO1 and Babesia divergens through multiomics analyses.  Emerging Microbes & Infections 13. https://doi.org/10.1080/22221751.2024.2386136

Javier Díez de los Ríos, María Navarro, Anna Vilamala, José Miguel Rubio, Ingrid Vilaró, Anna Besolí, Judit Serra-Pladevall, Hospital-acquired malaria in Catalonia: an unexpected post-surgical complication, Journal of Travel Medicine, 2024;, taae028, https://doi.org/10.1093/jtm/taae028

Duah-Quashie NO, Opoku-Agyeman P, Lanza M, Rubio JM. Polymorphisms in the human angiotensin converting enzyme gene (ACE) linked to susceptibility of COVID-19 and malaria infections in the Ghanaian population. Infect Genet Evol. 2024 Feb 15;119:105568. doi: 10.1016/j.meegid.2024.105568. Epub ahead of print. PMID: 38367677.

Martín Ramírez A, Barón Argos L, Lanza Suárez M, Carmona Rubio C, Pérez-Ayala A, Hisam SR, Rubio JM. Malaria diagnosis using a combined system of a simple and fast extraction method with a lyophilised Dual-LAMP assay in a non-endemic setting. Pathog Glob Health. 2024 Feb;118(1):80-90. doi: 10.1080/20477724.2023.2232595. Epub 2023 Jul 6. PMID: 37415348; PMCID: PMC10769111.

Singh, P., Lonardi, S., Liang, Q., Vydyam, P., Khabirova, E., Fang, T., Gihaz, S., Thekkiniath, J., Munshi, M., Abel, S., Ciampossin, L., Batugedara, G., Gupta, M., Lu, X.M., Lenz, T., Chakravarty, S., Cornillot, E., Hu, Y., Ma, W., Gonzalez, L.M., Sánchez, S., Estrada, K., Sánchez-Flores, A., Montero, E., Harb, O.S., Le Roch, K.G., Mamoun, C.B., 2023. Babesia duncani multi-omics identifies virulence factors and drug targets. Nat Microbiol. https://doi.org/10.1038/s41564-023-01360-8

Lin L, Dacal E, Díez N, Carmona C, Martin Ramirez A, Barón Argos L, Bermejo-Peláez D, Caballero C, Cuadrado D, Darias-Plasencia O, García-Villena J, Bakardjiev A, Postigo M, Recalde-Jaramillo E, Flores-Chavez M, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ, Rubio JM, Luengo-Oroz M. Edge Artificial Intelligence (AI) for real-time automatic quantification of filariasis in mobile microscopy. PLoS Negl Trop Dis. 2024 Apr 17;18(4):e0012117. doi: 10.1371/journal.pntd.0

Montero, E., Folgueras, M., Rodriguez-Pérez, M., Pérez-ls, L., Díaz-Arias, J., Meana, M., Revuelta, B., Haapasalo, K., Collazos, J., Asensi, V., Gonzalez, L.M., 2023. Retrospective study of the epidemiological risk and serological diagnosis of human babesiosis in Asturias, Northwestern Spain. Parasites & Vectors 16. https://doi.org/10.1186/s13071-023-05817-x.

Hildebrandt, A., Gray, J., Montero, E., 2023. Characteristics of Human Babesiosis in Europe. Pathogens 12, 323. https://doi.org/10.3390/pathogens12020323

• Técnicas de amplificación de ácidos nucleicos incluyendo el uso de las nuevas polimerasas virales.
• Técnicas del ADN recombinante, expresión y purificación de proteínas recombinantes, construcción de genotecas genómica y expresión.
• Genotípico poblacional mediante de amplificación genómica tales como PCR en sus diferentes formas (PCR, Nested PCR, qPCR, rt-PCR), LAMP y otras basadas en amplificaciones mediante análisis de fragmentos.
• Ensayos de inhibición e inmunoprecipitación.
• Inmunoblot, ELISA y aglutinación para la detección de anticuerpos.
• Cultivos celulares.
• Secuenciación sanger.
• Secuenciación masiva de genomas y transcriptomas. Técnicas de Metabolómica.
• Microscopía, videomicroscopía in vivo confocal y electrónica, digitalización de imágenes y videos e Inteligencia artificial.
• Técnicas de caracterización de microvesículas, exosomas y productos de excreción y proteómica.
• Ensayos in vitro de Babesia spp. utilizando anticuerpos, vesículas extracelulares y agentes antimicrobianos

• Campanas de Seguridad Biológica Clase II.
• Cabinas Flujo Laminar-PCR (x3).
• Robot de extracción automática de ácidos nucleicos (QIAcube x1, QIAsymphony x1).
• Equipos de amplificación genómica (AppliedBiosystem x7).
• Equipos de amplificación genómica con gradiente (BioRad x1).
• Equipo de amplificación genómica a tiempo real (Rotor Gene x3).
• Equipo de electroforesis de ácidos nucleicos automática (QIAxcel x1).
• Microscopio con doble cabezal para docencia.
• Microscopio con equipo fotográfico incorporado.
• Lupa.
• Equipos de electroforesis horizontal y vertical.
• Contador de células.
• Centrifugas, termobloques, agitadores magnéticos, pipetas, etc.
• Neveras, congeladores, estufas, baños refrigerados, agitadores, etc.
• Balanza, balanza de precisión.
• Equipos informáticos.

Además, se cuenta con las unidades centrales del Centro Nacional de Microbiología y del Instituto de Salud Carlos III:

• Laboratorio de Microscopía Confocal y Electrónica.
• Laboratorio de genómica.
• Laboratorio de Histología.
• Unidad de Bioinformática.
• Animalario