Epidemiología molecular, filogeografía y filodinámica de las enfermedades producidas por los virus incluidos en la vacuna triple vírica (sarampión, rubéola y parotiditis). Desarrollo de nuevos marcadores  moleculares para su vigilancia global.

Caracterización de las infecciones en pacientes vacunados con vacuna triple vírica. Búsqueda de determinantes genotípicos y fenotípicos de escape a vacuna. Caracterización de la respuesta inmune.

Epidemiología molecular, filogeografía y filodinámica de la rabia en España. Dinámica de la infección por EBLV-1 en murciélagos. Caracterización epidemiológica de la rabia importada en Ceuta y Melilla.

Búsqueda y caracterización de virus potencialmente emergentes en murciélagos ibéricos.

- Los murciélagos como reservorios de virus potencialmente emergentes y re-emergentes: búsqueda de nuevos agentes, susceptibilidad a la infección y relaciones evolutivas. PID2022-142608NB-I00. Proyectos de generación del Conocimiento 2022, Agencia Estatal de Investigación. Co-IP: Juan E. Echevarría

- Development of New Technologies to Track Emerging Infectious Threats in Wildlife and the Environment. NEXTHREAT. PLEC2021-007968 Proyectos RETOS. Agencia Estatal de Investigación Investigador Juan E. Echevarría

- Building a European strategic Research and Innovation Area in Direct Synergy with EU and International Initiatives for Pandemic Preparedness (BE READY.  HORIZON-HLTH-2021-DISEASE-04. Grant Agreement: 101057795. IP: Hervé Raoul, WP leader: Juan E. Echevarría.

- European Viral Outbreak Response Alliance. EVORA. Proposal number: 101131959. HORIZON-INFRA-2023-DEV-01. UE. Investigador Juan E. Echevarría.

- INTERnational Cooperation of high containment research infrastructures: from Epidemic Preparedness TO Response. INTERCEPTOR. HORIZON-INFRA-2023-DEV-01. UE. Investigador Juan E. Echevarría.

- Building a European strategic Research and Innovation Area in Direct Synergy with EU and International Initiatives for Pandemic Preparedness (BE READY.  HORIZON-HLTH-2021-DISEASE-04. Grant Agreement: 101057795. 01/06/2022 - 31/05/2025. Presupuesto total Proyecto: 1.998. 894,00 €, Presupuesto total ISCIII: 106.625,00 €. WP leader : Juan E. Echevarría

• Ramirez de Arellano E, Sánchez-Lockhart M, Perteguer MJ, Bartlett M, Ortiz M, Campioli P, Hernández A, Gonzalez J, Garcia C, Ramos M, Jimenez MA, Tenorio A, Sánchez-Seco MP, González F, Echevarria JE, Palacios G, Negredo A.  First evidence of LLOV antibodies in Schreiber's Bent-winged insectivorous bats demonstrate a wide circulation of the virus in Spain. Viruses 2019, 11, 360.
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• Gossner CM, Mailles A, Aznar I, Dimina E, Echevarría JE, Feruglio SL, Lange H, Maraglino FP, Parodi P, Perevoscikovs J, Van der Stede Y, Bakonyi T. Prevention of human rabies: a challenge for the European Union and the European Economic Area. Euro surveill. 2020;25(38):pii=2000158.
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Técnicas de amplificación y secuenciación genómica.

Técnicas de secuenciación masiva o de nueva generación.

Técnicas de inferencia filogenética y evolutiva.

Técnicas de detección de antígenos por inmunofluorescencia.

Técnicas de caracterización de la respuesta inmune mediante neutralización.

Técnicas de aislamiento de virus en cultivos celulares y evaluación de la capacidad replicativa.

Laboratorio de extracción de ácidos nucleicos, amplificación y secuenciación genómica.

Laboratorio de aislamiento de virus en cultivos celulares.

Laboratorio de bioseguridad de nivel 3.

Unidad de Genómica y Bioinformática del ISCIII disponible para los análisis necesarios